Es la forma como están organizadas las comunidades. Muchas de ellas presentan una estructura vertical; es decir, sus componentes se distribuyen de diferente manera a lo largo del eje vertical, ya sea a partir del suelo en las comunidades terrestres o conforme aumenta la profundidad a partir de la superficie del agua en las comunidades acuáticas.
En los ambientes terrestres, la distribución vertical está determinada por el tamaño y la forma de las plantas, que a su vez influyen en la manera en que incide la luz. En los ambientes acuáticos, los factores físicos como la luz, la temperatura y la concentración de oxígeno determinan la estructura vertical de las comunidades que ahí se desarrollan.
En los bosques se distinguen estratos de vegetación diferentes: herbáceo, arbustivo y arbóreo; aunque cabe aclarar que, dependiendo del tipo de bosque, podrán distinguirse más o menos estratos. Por ejemplo, el bosque tropical tendrá mayor cantidad de estratos que el bosque de coníferas, debido a la gran cantidad de especies vegetales que contiene. La estructura vertical determina, en parte, el tipo y la cantidad de especies asociada a las plantas, pues se ha encontrado que en las comunidades en donde existe una mayor estratificación hay también una mayor diversidad animal.
Muy relacionada con la estructura vertical se encuentra la estructura biológica, que presenta dos niveles o capas. Una es la autótrofa, en la que se centra la fotosíntesis, y que en las comunidades terrestres se ubica principalmente en las copas de los árboles, mientras en la capa superficial de los ambientes acuáticos se concentra el fitoplancton fotosintético. La otra capa es la heterótrofa que utiliza y circula la energía almacenada en los tejidos de los autótrofos, a través de las acciones de herbívoros, depredadores, detritívoros y descomponedores.
En muchas comunidades también es posible reconocer una estructura horizontal —en aquéllas formadas principalmente por organismos sésiles—, aunque esto no significa que las comunidades con organismos móviles no tengan estructura horizontal, aunque es más difícil percatarse de ella. Si se consideran juntas la estructura vertical y horizontal se obtendrá la estructura espacial, que nos proporciona una imagen más real de la composición de las comunidades.
