Todos los seres vivos de un ecosistema se relacionan a través de las cadenas o redes tróficas, en las que se lleva a cabo un continuo flujo de energía y reciclaje de la materia. En este apartado se describirá el flujo de energía y posteriormente se explicará el reciclaje de materiales cuando se traten los ciclos biogeoquímicos.
La energía se define como la capacidad de realizar trabajo y sus unidades de medición son las calorías o julios. Una manera de describir el flujo de energía en los ecosistemas es a través de las relaciones alimentarias. La cantidad de energía que pasa de un nivel trófico a otro depende del tipo de ecosistema y de las fluctuaciones de los factores abióticos de acuerdo con las estaciones del año. Los organismos que obtienen su energía de una fuente común constituyen un nivel trófico y ocupan una posición en la cadena o red, que depende del número de pasos que lo alejan de la fuente principal de energía.
La transferencia de energía en los ecosistemas cumple con las leyes de la termodinámica. La primera establece que la energía no se crea ni se destruye, únicamente se transforma, lo que implica que el paso de energía de un nivel a otro nunca será del 100%, pues una buena parte de ésta se disipa como calor, que es una forma no utilizable por los seres vivos. Lo anterior determina que la energía sólo pueda ser utilizada una sola vez en cada nivel trófico; es decir, su flujo es unidireccional, por lo que será necesario un abastecimiento externo y continuo proveniente del Sol para que el ecosistema siga funcionando.
