La importancia de la biodiversidad se ha reconocido en foros internacionales, donde se ha planteado la preocupación por el deterioro del ambiente. Por este motivo, instituciones internacionales como la organización de las Naciones unidas (ONU) y el Banco Mundial (BM) han constituido un fondo para otorgar donativos a las comunidades que promueven la conservación y el mantenimiento de espacios naturales que no han sido severamente modificados, a cambio de mantenerlos con la menor alteración posible.
En respuesta a esta situación, desde noviembre de 1917 existen en México Áreas Naturales Protegidas (ANP). La primera en instaurarse como tal fue el Desierto de los Leones, en el Distrito Federal, y fue a partir de 1938 que el Gobierno Federal inició una política de Estado para proteger los espacios naturales de nuestro país.
Así, en la actualidad las ANP son el instrumento de política ambiental con mayor efectividad para la conservación de la biodiversidad. Dichas áreas son porciones terrestres o acuáticas del territorio nacional, características de los diversos ecosistemas, en donde el ambiente original no ha sido esencialmente alterado y que producen beneficios ecológicos cada vez más reconocidos y valorados. Se constituyen mediante un decreto presidencial y las actividades que pueden llevarse a cabo en ellas se establecen de acuerdo con la Ley General del Equilibrio Ecológico y la Protección al Ambiente. Están sujetas a regímenes especiales de protección, conservación, restauración y desarrollo, según categorías establecidas en la ley.
En México, en mayo de 2010 la Comisión Nacional de Áreas Naturales Protegidas administraba 174 áreas naturales de carácter federal que representaban 25 384 818 hectáreas. Según sus características, y de acuerdo con el propósito para el cual fueron creadas, las ANP se dividen en reservas de la biosfera, parques nacionales, áreas de protección de flora y fauna, áreas de protección de recursos naturales, y monumentos naturales y santuarios.
En algunos casos las ANP son objeto de explotación clandestina, con un deterioro que origina la degradación de su categoría, lo que apunta a su paulatina desaparición. Ejemplos de esto son el Corredor Biológico Chichinautzín (en el sur del Distrito Federal) y el Parque Nacional Lagunas de Zempoala (entre los límites del estado de México y el estado de Morelos). Ello evidencia la falta de recursos económicos y políticas de inversión que conduzcan al conocimiento pleno de la biodiversidad del país para fortalecer su protección.